CS系统集成资质的申请流程主要包括以下几个步骤：

1、申请企业自主选择评估机构，提交评估申请：企业需根据自身需求和实际情况，选择合适的评估机构，并提交评估申请。

2、评估机构确定受理评估后，与申请企业签订评估合同：评估机构在收到申请后，会进行初步审核，确定是否受理评估，并与申请企业签订正式的评估合同。

3、申请企业向评估机构提交评估资料，评估机构进行文件评审：企业需要按照评估机构的要求，提交相关的评估资料，评估机构则对这些资料进行文件评审，以初步了解企业的能力和水平。

4、文件评审通过后，评估机构实施现场评估：如果文件评审通过，评估机构会进行现场评估，对企业的实际情况进行深入了解和评估。

5、现场评估结束后，评估机构做出机构推荐的评估结论，并出具评估报告：评估机构根据现场评估的结果，做出评估结论，并出具详细的评估报告。

6、评估机构推荐为CS1级（初始级）、CS2级（基本级）评估结论的申请企业，报评估工作部备案审查通过后，得出最终评估结果：对于达到CS1级（初始级）或CS2级（基本级）评估结论的企业，其评估结果需报评估工作部备案审查，通过后才能得出最终的评估结果。需要注意的是，初次申请级别不得高于CS2级（基本级）。

在申请过程中，企业需要确保提交的资料真实、完整，并积极配合评估机构的工作。同时，企业也可以根据自身的发展情况和需求，逐步提升申请级别，以获得更高级别的CS系统集成资质。

请注意，具体的申请流程可能因地区和政策的不同而有所差异，企业在申请前最好先了解当地的政策要求和流程规定，以确保申请的顺利进行。